1、冻害：早春寒潮频繁，常伴有低温霜冻天气。很多农户为争取辣椒早上市，抢高价。在设施条件、管理技术跟不上的情况下，自主地提早定植，造成辣椒植株不同程度的冻害，结果事与愿违
2、徒长：造成徒长的主要原因是施肥不当，氮肥施用过多;为使保护地栽培辣椒早分枝多分枝，忽视了通风降温工作，出现徒长
3、落花落果：温度过高或过低是引起落花的主要原因。早春温度低，影响了授粉及花粉管伸长，形成大量落花，一般落花率可达到20-40%。此外，如果栽植过密、氮肥施用过多、植株枝叶徒长、光照不足，第1-2层花大多脱落。落果主要是生理病虫原因，如:早疫病(轮纹病)引起大量小果脱落;烟青虫、棉铃虫的蛀食为害;磷肥不足等也都可引起脱落。
4、死蔸枯苗：死蔸是影响辣椒产量和品质提高的主要因素，保护地和露地均可为害，近年来有更严重发生的趋势，常导致30-60%辣椒绝收，甚至毁灭性为害。引起辣椒死莞枯苗的主要原因是:疫病、青枯病、枯萎病、根腐病等上传病害的侵染为害和地老虎等地下害虫为害所至，其中为害最为严重的是疫病。多雨潮湿天气、田间积水、高温、高湿是病害诱发的因素之一，雨季或大雨冲刷后天气突然转晴易暴发流行。
5、病虫害：辣椒生产中除疫病、青枯病、根腐病等造成死莞的病害外，还有病毒病、灰霉病、炭疽病等为害，其中病毒病及灰霉病(主要是保护地)发生较为严重，造成大幅减产，已成为当前辣椒生产中的一个主要问题。主要虫害有蚜虫、烟青虫、斜纹夜蛾，而蚜虫的发生又有利于病毒病的传播，烟青虫的发生则造成落果。