大葱病虫害主要以防为主，实行2年以上轮作，消灭病虫源头；选用抗病品种，种子进行消毒处理；施足基肥、加强管理、葱壮抗性强壮。大葱病虫害防治主要针对以下5种。
1、霜霉病：主要危害叶片，花梗等部位，湿度大时，叶表面会长出大量白霉。防治用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，50%钾霜铜粉剂800倍液7天防一次，连防2-3次。
2、菌核病：主要危害叶片、花梗，多发生在近地表处，严重时全株折断，基部腐烂而死亡，病部产生白色絮状菌位和黑色短杆状、粒状菌核。防治：用50%多菌灵可湿性粉剂300倍或50%甲基托布津可湿性粉剂500倍液喷施，7天喷施一次，连续2次。
3、锈病：主要危害叶片、前梗、绿色茎秆，在表皮上产生椭圆形稍隆起的橙黄色粉末。防治：用15%三唑酮可湿性粉剂2000倍液或50%萎锈灵乳油700倍液每10天喷一次，连喷2-3次。
4、葱斑潜蝇：幼虫在叶片内曲折穿行，潜食叶内、致叶片枯萎。防治：用80%敌敌畏乳油200倍或吡虫啉15克兑水60公斤喷施，连喷2-3次。
5、葱蓟马：以刺吸式口器吸取心叶，嫩芽中的汁液，致叶、芽上处现针头大小的斑点。防治：用50%辛硫磷乳油1000倍液喷洒防效显著。