目前，治疗蔬菜死棵采取最多的办法是药剂灌根，让一定浓度的药剂从根部吸收从而快速达到杀灭病菌的效果。例如，防治卵菌引起的根部病害的时候，可使用甲霜灵、霜脲氰、烯酰吗啉与铜制剂复配使用，既能在根系周围杀菌形成保护层，而且三种药都有良好的内吸效果，对进入植株内部的病菌有效。不过，在用药剂灌根的时候，需要注意几个问题。
使用杀菌剂灌根前不宜进行浇水
作物的根部病害已经发生，若浇水，病菌会随流水进行传播，造成更多死棵。浇水容易导致土壤透气性下降，根部缺氧，产生沤根，抗逆性降低，使病原菌更容易浸染。另外，浇水后再进行灌根，药液更难下渗，用药过多还容易使土壤透气性更差，易造成作物沤根，加剧死棵发生，所以在灌根前不宜进行浇水。
灌根后不宜立即浇水
灌根后立即浇水，会使土壤中的药液很快稀释，杀菌防病效果降低。因此，在使用杀菌剂灌根后的几天内尽量不要浇水。
在使用杀菌剂灌根后，作物一旦出现药害症状时，可以浇水进行补救，以免造成较大损失措施是迅速遛一次小水，以稀释土壤中药液浓度，而后及时用生根剂或芸胎素内酯喷淋加灌根，缓解药害、恢复植株长势。