持续低温是塑料大棚番茄发生畸形果的主要原因，尤其在花芽分化和发育期出现低温，持续时间越长，畸形果率起高。此外，激素处理，肥水管理，品种选择也与畸形果发生有较大关系，因此，生产中以保温和提高温度为主，考虑其它因素采取综合防治措施。主要防治措施如下：
1、搞好疏花。因植株上的第1-2穗果的第一果易形成畸形果，故在蘸花前疏去，这样可大大减少畸形果的数量。
2、要正确运用蘸花技术。要掌握以当天开放的花为蘸花的最佳时机，蘸花时间宜在上午8-10时，下午15-17时，并做到随开随蘸。蘸花药液的浓度要严格按照使用说明书配制，并依据温度高低灵活掌握，温度高时，浓度小些，温度低时，浓度大些。