冬季外界温度低，冬棚辣椒育苗期间，往往会突然受到寒流的袭击，温度骤然降低，秧苗容易受冻害应采取有效措施防冻。
利用人工控温育苗方法，如电热温床和工厂化育苗等，是解决秧苗受冻问题的根本措施。
在雨雪低温期间，尽量利用天气放晴间隙，揭掉草苫，让辣椒苗能受到阳光照射。雨雪停后骤然转晴时，中午前后在苗床上盖几张草苫，避免秧苗失水萎蔫。床土湿度大，秧苗易受冻害，所以寒潮来临前要控制苗床浇水，床土过湿的可撒一层干草木灰。
增施磷、钾肥，苗期使用抗寒剂。秧苗喷施0.5%-1%的红糖或葡萄糖溶液，可增强抗寒力。在3-4叶期喷施两次（间隔7天）0.5%的氯化钙溶液，增强抗寒性。
寒潮期间严密覆盖苗床。进行短时间通风换气时，要防止冷风直接吹入床内伤苗。夜晚要加盖草帘。可将稻草枯叶撒在秧苗上，寒潮过后再清除。在下雪天，雪停后，及时将雪清除出育苗场地。
采用光碳复合肥进行叶面喷雾，亩用量1000倍液可以起到御寒抗病增产作用。