玉米胚大，带菌量多，成熟不均匀，破碎粒多，较其它粮食难保管。要妥善保管玉米；主要应采取以下措施。
干燥防霉玉米多用于制粉和发酵，不强调发芽力，可以充分曝晒戎烘干处理，这是玉米长期安全保管的主要措施。新收获的玉米经过冬季通风散温，若水分不能降至过夏标准，可以趁春暖曝晒，凉后妇仓，散堆密闭，做好防潮隔湿工作，以安全过夏。对于在冬季已充分干燥的玉米，可在冬季趁冷密闭压盖，对安全过夏有良好效果。新收获的玉米朱能及时干燥的，入冬后要做好防冻工作。受冻玉米食用品质差，且难以保管。
防治害虫3月底用塑料布压盖密封制造缺氧环境，不仅防虫，而且防湿防霉。对已生虫的玉米，可以过筛除虫，或者用磷化铝熏蒸除虫。
除杂玉米中常含有较多的未熟粒、破碎粒、糠屑及穗轴碎块等，特别是机械脱粒杂质含量很高，易引起发热生霉和招致虫害。因此散装堆放玉米前要过筛除杂。对于少量玉米，可以采取果穗贮藏法，既有利于促进盾熟改善品质，又能使玉米经过一个冬天的自然风干，特水分降至安全标准。