小辣椒主要有地下虫及病毒病、炭疽病、疫病等病害等。
1、农业措施
选用抗病品种和2～3年内未种过茄科作物的地块；冬前深耕冻垡，春季多犁细耙，清洁田问杂草，消除病虫隐患；种子消毒处理，培育壮苗，足施腐熟有机肥，配方使用化肥；实行起垄、间作、地膜覆盖，合理密植，大小行定植，中耕除草，适期采收等。
2、化学措施
地下虫：整地时，应用90%敌百虫晶体水溶后拌土或炒香的玉米糁、麦麸及青菜叶等撒于地表诱杀。
病毒病：早防蚜虫、喷洒20%病毒A可湿性粉剂500倍液或1.5%植病灵乳剂1000倍液，或用0.1%硫酸锌加0.1%高锰酸钾加0.2%～0.3%磷酸二氢钾加0.3%～0.4%尿素，每隔7～10天1次，视病情连防2～3次。
炭疽病：发病初期喷50%混硫悬浮剂500倍液或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600～800倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1400～1500倍液，或80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，7～10天一次，连续2～3次。
疫病：用50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液或70%乙磷锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%盖力克水剂600～800倍液喷施和灌根，高温雨季浇水前应撒施96%以上硫酸铜3公斤/亩，然后浇水。