注意选择床址旱育秧床址应当尽可能选择在远离稻田和稻草堆的地方，这是因为稻瘟渍菌初侵染来源主要是种子和病残体。因此，选择的旱秧床址应远离这些病源。
严格种子消毒种子消毒可采用功5%施宝克乳油或8.0%402，1:2000～3000倍药液浸种，可消灭种子上的稻瘟病菌和恶苗病病菌。用新高脂膜拌种（可与种衣剂混用），能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
禁止用稻草覆盖秧庆和催芽，严格控制补水秧床盖草覆膜是促进齐苗的措施，但是绝不能用稻草覆盖，否则会引发稻瘟病。肥庆旱育秧通常是很少需要补水的，其原因是肥庆上土壤肥沃深厚，保肥保水性强，而且补水会削弱栽后发根发苗的暴发力。只有当遭遇严重干旱时，秧苗在午后卷叶，傍晚还不能展叶的才能少量补水。补水仅能以喷壶喷洒少量水，切不可大水浇床。
主动喷药保护旱育秧庆与大田比值小（1：40），秧庆面积小，无需考虑用药成本。应掌握从秧苗离乳期开始，每隔10d喷20%三环唑可湿性粉剂500倍药液1次，确保秧苗安全生长。