水稻旱育秧苗苗床是经过严格培肥的，其供肥总量充足，养分全面，速效肥料含量高，所以，在秧苗生长前期一般不会缺肥，但由于苗床处于相对干旱半干旱状态和秧苗前期蒸腾量小，养分在苗床上的移动性差和肥料营养元素在秧苗体内运输不畅，均易造成变相缺肥。随着叶龄的增加，地上茎、叶、蘖的生长量不断增加，所需营养元素也不断增加，在培育中苗或大苗时，后期往往出现旱育秧落黄脱落的症状，这时必须适时适量追肥。
在追肥时要注意以下几点：
1、旱育秧的叶色一般比较深绿，缺肥初期不易察觉。
2、水稻旱育秧苗施用肥料种类应考虑到苗床干燥的特点，以选用优质尿素最佳，不能施用易挥发性的其他肥料。不能直接撒施，防止局部肥料浓度过高，灼伤叶片或烧苗，应采用肥水喷浇的方法。若化肥直接撒施，必须于撒施后立即喷水淋洗。
3、旱育秧缺肥是由缺水引起的，所以在追肥时，一次用肥不宜过多，每1平方米用尿素5-10克，兑成1%的尿素液喷施，可避免烧苗，以水带肥入土，提高肥效。
4、浇肥液和浇水一样，时间上要在傍晚追肥，最好与补水同时进行，追肥的次数、用肥量和用水量要严格控制，以防削弱旱育秧的生理优势。