合理轮作：前茬以种植十字花科和豆科作物以及葱、蒜等为宜，尽量避免与茄果类、瓜类等作物连作。
加强管理：随时做好棚室的通风换气，调节好棚室内的温度和湿度，以控制病害发生条件;科学浇水，提倡小水浇灌或膜下滴灌，切忌大水漫灌，严防土壤积水;注意做好浅中耕，避免土壤板结，但不要过早过深培土;增施以有机肥为主的磷钾肥料并喷施光合营养膜肥，促进根叶稳健生长，增强植株抗性。
药剂防治：对辣椒根部病害要早发现、早防治，要抓住发病初期及时用药防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，对青枯病可用松脂酸铜600倍液，、70%代森锰锌500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3~4次;对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3~4次。注意药剂配合根施通交替使用，提高和巩固防治效果。