水稻栽培中的育秧阶段是十分重要的，俗话说得好，苗好一半谷。为了适时培育壮秧，水稻育秧技术不断进步，多年采用的水育秧在北方已经很少应用，原来的湿润育秧和旱育秧也都有所变化。而现在群众应用的有薄膜育秧、工厂化育秧以及与机插相配套的秧盘育秧、干旱育秧等。不同育秧方式下，容易发生的病虫害种类也不一样。如水育秧田，无论在南方还是北方经常发生的都是烂秧，表现出烂种、烂芽、黑根、青枯和黄枯死苗等症状。烂秧又分为生理性和侵染性两种，前者是低温和寒流天气下长期淹水缺氧或盐碱所致。后者包括绵腐病和立枯病，由病菌（真菌）侵染所致。要控制这两种病害，除了上述加强管理促进秧苗生长外，发病初期还要及时用药。可浇洒敌克松、代森铵、浸种灵、甲霜灵锰锌等。
改用湿润育秧和旱育秧以后，不再发生烂秧和棉腐病，主要发生立枯病、恶苗病、青枯病，秧田后期可能发生苗稻瘟、胡麻斑病和地下害虫、灰飞虱、稻蓟马、二化螟等害虫。在这里重点介绍以下几种药剂。一是用氟虫腈（锐劲特）防虫。每亩用80％的锐劲特水分散粒剂2克加70％的艾美乐水分散粒剂2克（或5%锐劲特30～40毫升），对水15～30公斤，在水稻2叶1心期后，均匀喷施。如果在水稻移栽前5天，重喷1次，可达到“送嫁药”的效果，即可防治大田前期灰飞虱、稻蓟马、二化螟等害虫，兼治三化螟、稻象甲等。也可以选用48%毒死蜱、25%速灭威、20％啶虫脒、25%噻嗪酮或10%吡虫啉。二是用恶霉灵防病。恶霉灵是一种内吸性杀菌剂，同时又是一种土壤消毒剂。可以和种子干拌或湿拌，每公斤种子用原药1克（30%水剂3.3克）。也可以对秧田或苗床土壤及营养土消毒。做法是：先将原药用水稀释成3000倍药液（1克原药加3公斤水），在简塑盘育秧时，每盘用稀释液0.5公斤。秧田旱育、湿润育秧时，每平方米苗床用稀释液3公斤，可有效地控制立枯病，兼治恶苗病。秧田后期发生稻瘟病和纹枯病可用稻瘟灵、稻瘟净或三环唑防治。
防治对象要明确针对田间病虫害种类的不同，采取相应的农药防治。农药进行混配时，其农药的含量要搞清楚，特别是穗颈瘟防治，三环唑有2种剂型，切不得搞错。
不要随意加大农药的用量盲目加大药剂用量，则加大了病虫防治的成本，又易使作物发生药害。另外农药一定要注意现配现用，防止农药间发生化学反应而降低药效。夏秋时节雷雨天多，在农药中添加助剂既可以增进药液的效果，又可延缓雨水的冲刷，较好地保证防效。
喷药要均匀一致不宜重复喷药，以防高浓度药液灼伤秧苗。
施药时间有讲究尽量避开水稻扬花期（上午9时前、下午3时后用药），以免引起花粉败育；早上露水太重也不宜施药，会降低药液的含量；若是有辛硫磷农药成份等见光易分解的农药，宜在阴天或下午3时后用药，以提高防治效果。
喷药部位要明确防治穗颈瘟、稻纵卷叶螟时，喷头应向上喷雾，让细细的药液徐徐落下或飘向植株的穗部或叶片上；防治稻飞虱或水稻纹枯病时，应把喷头对准植株的中下部，让药液尽可能多地喷向水稻基部，加强对病虫的防治和叶片的保护。
药剂使用要对路严禁使用甲胺磷、1605等国家明令禁止的农药和菊酯类农药。对大米质量追溯的田块，应严格按指定的配方施用，禁止使用扑虱灵、吡蚜酮、丙溴磷等残留时间长的药剂。在收获前一个月不宜施用任何药剂。
注重对病虫防效的检查在病虫防治过后的一定时间内，要加强对农药防治效果的检查，对防效不好的田块或地段及时查明原因，迅即补治，以把病虫的发生消灭在萌芽状态。
保持田间环境卫生田间施完肥、打好药后应迅速清理污染物，保持田间的环境整洁卫生。对鱼、虾等水产品较为敏感的农药，要做好防护措施。
加强劳动保护工作抓住早晚两头天气不热的时段用药，用药前后不得饮酒，穿戴好雨衣、雨裤和防药帽等劳动防护用品再下田喷药，施药的进程中不得食用瓜果饮料和抽香烟，并尽可能地顺风施药。