不出芽
西红柿较耐寒，一般经浸种催芽后都能出苗。但有时播后温度较低或遇有连阴天，苗畦内温度较低，种子可能暂时不出芽，待天气好转后仍能发芽。造成不发芽现象的主要原因是长期低温，或播种时苗畦过干，没浇透水，喷水不足，水分被下部干土吸掉，形成搁干现象。
建议：一般播后7～8天不发芽就应该找清原因进行及时补救。
冻害
西红柿幼苗冻死或冻坏，主要是受到0℃以下低温影响，细胞间隙间水分结冻，浓度变高，并向细胞内夺取水分，使细胞液内水分外流，同时细胞间隙结冻，压挤细胞受机械损伤而产生冻害，引起局部干枯或死亡现象。
预防办法：1、留意天气预报，冷空气来时，晚上在小拱棚上加盖稻草防寒保温，白天揭开稻草利于透光升温。2、培育壮苗和炼苗，因为壮苗细胞液内糖分等营养物质含量高，浓度大，能将冰点降低，这是壮苗比徒长苗更能抗冻害的主要原因。另外，叶面喷施生长调理剂丰收一号1200倍液也有增强植株抗逆能力的作用，此法在寿光市使用较多，效果非常好，建议菜农在进行早春育苗时尝试一下。
闪苗
闪苗是由于环境条件突然改变而造成的叶片凋萎、干枯现象。这种现象在整个苗期都可发生，而以定植前最为严重。闪苗与苗质、温度、空气湿度都有关系，如果幼苗在苗畦内长期不进行通风，苗畦内温度较高，湿度较大，幼苗生长幼嫩，这时突然通风，外界温度较低，空气干燥，幼苗会因突然失水出现凋萎现象。
避免闪苗，首先要培育壮苗，幼苗经常通风，叶片厚实、浓绿，一般不会出现闪苗现象。如果幼苗出现凋萎现象，要立即把覆盖物盖好，短时凋萎还能恢复，这样反复揭盖几次使幼苗适应棚室大环境以后再进行正常管理。
幼苗死苗
西红柿在育苗过程中经常出现猝倒或死苗现象。发病多在小苗2～3片真叶时，在苗茎与地面接触的地方颜色失绿变淡，出现水浸状，以后病部收缩变细呈线状，经太阳晒后，幼苗便折倒、死亡。引起幼苗腐烂和死亡的有早疫病、灰霉病和菌核病等。
预防办法：1、播种前，将适量百菌清或向农4号等杀菌剂施于苗畦或营养土中进行预防。2、保持畦内适度干燥，根据育苗经验，干湿度掌握较好的其面发病较少，幼苗不徒长，根系发达，一般不会死苗。