马铃薯播种深度因各地气象条件、土壤条件和栽培季节不同，播种深度也不尽相同。一般有灌溉条件的地区播种宜浅，干旱地区则宜深；春季栽培宜深，秋季栽培宜浅；沙质土壤宜深，黏质土壤宜浅。一般微型薯开沟深7厘米，覆土后从种薯到垄顶10~12厘米。切块播种开沟深7厘米，覆土后13~14厘米。北方一作区，为了提高地温早出苗，播种时覆土薄一些，待出苗前起垄时覆土到要求厚度。
马铃薯播种深度在15~20厘米范围时产量最高，高于20厘米时，光合生长期缩短，产量逐渐降低。
马铃薯种植深度过浅，容易受到干旱的影响，结薯后块茎外露造成块茎暴露在光照下，使薄壁层的外皮细胞产生叶绿素合成，引起表皮变成绿色，并会有麻，涩的味道，暴露的结果和味道是由于生物碱的形成，如果含量超1毫克/100克通常认为不合适人类消费，如种植过深，则马铃薯出苗慢，向下生长的根系不在耕作层，影响对养分的吸收，在特殊情况下，如稻后水田，则需要起高垄，垄上浅播，以免烂种。