在栽培有机水稻的时，要选择优质品种，同时还要考虑栽培地区的气候条件和土壤情况，在浸种前晒种1～2天，这样可以提高发芽率。
用腐熟的菜籽饼或腐熟鸡粪+新高脂膜于栽前施入土壤中保墒，防晒。有机水稻在生长过程中不施化肥，往往分蘖不足，叶色偏淡，所以在移栽后7天需追施腐熟的菜籽饼作分蘖肥，搁田前期再追施腐熟的菜籽饼，保住已有分蘖，提高分蘖成穗率。在本田生育期中用酵素菌液肥，分5次叶面喷施，即栽后15天，搁田中期，喷施生物有机肥促进分蘖向成穗转化；并在成穗前喷施壮穗灵提高授粉，受精质量，增加千粒重。
在种植时还要加强对有机水稻的保护，选用抗病虫品种，并采取稻田放鸭或养鱼措施，利用鱼鸭捕食控制虫害，通过科学管理和合理使用有机肥控制病害。
有机水稻株具有株矮、叶淡、穗不足、产量低的特点。因此，在有机水稻移栽时，必须增穴增苗，基本苗一般要比常规大田增加20%，以利成熟时能够保持足穗，提高产量。而且在灌溉时必须有独立的排灌系统，田块和常规种植田块之间须建立缓冲带。田块四周田头不允许种植其它农作物。以防与其它植物争夺养分。