有机蔬菜地杂草丛生，除了与作物争肥夺水外，还与蔬菜作物争空间，导致过密，容易产生病害，并传播病毒病等，杂草也为害虫藏身和产卵提供了良好的栖息地。
杂草防除主要是人工除草，关键是要勤除，开始工作量大些，到后来就越来越少了。由于有机蔬菜在栽培过程中不允许使用人工合成的农药、肥料、除草剂、生长调节剂等，因此，对栽培过程中不可避免的草害提出了不同于常规蔬菜栽培的要求。除了人工除草，还可通过一些辅助措施减少杂草的为害。
1.人工除草
通过人力拔出、割刈、锄草等措施来有效防除杂草的方法，也是一种最原始、最简便的除草方法。中耕除草针对性强，不但可以除掉行间杂草，而且可以除掉株间的杂草，干净彻底，技术简单，不但可以防除杂草，而且给蔬菜作物提供了良好生长条件。但是人工除草费时费工，劳动强度大，除草效率低。在蔬菜作物生长的整个过程中，根据需要可进行多次中耕除草，除草时要抓住有利时机除早、除小、除彻底，不得留下小草，以免引起后患。
2.加强栽培管理控草
通过采用限制杂草生长发育的栽培技术（如轮作、种绿肥、休耕等）控制杂草。播种前，清除作物种子中夹杂的杂草种子。有机肥要充分腐熟（有些有机肥里含有杂草种子）。利用前作对杂草的抑制作用，前后作配置时，要注意到前作对杂草的抑制作用，为后作创造有利的生产条件。还可喷施酸度4%～10%的食用酿造醋，不但可以消除杂草，更有土壤消毒的效果，在杂草幼小时喷施效果较好。
3.机械除草
机械除草是利用各种形式的除草机械和表土作业机械切断草根，干扰和抑制杂草生长，达到控制和清除杂草的目的。机械中耕除草比人工中耕除草先进，工作效率高，但灵活性不高，一般在机械化程度比较高的农场采用这一方法。
4.物理除草
利用水、光、热等物理因子除草。如用火燎法进行垦荒除草，用水淹法防除旱生杂草，用深色塑料薄膜覆盖土表遮光，以提高温度除草等。
(1)火力除草：利用火焰或火烧产生的高温使杂草被灼伤致死的一种除草方法。
(2)电力和微波除草电力和微波除草是通过瞬间高压（或强电流）及微波辐衬等破坏杂草组织、细胞结构而杀灭杂草的方法。
(3)覆盖抑草
①秸秆覆盖抑草：利用秸秆覆盖不但可以起到保墒、保温、促根、培肥的作用，还具有抑草作用。覆盖前要先将秸秆翻晒，覆盖后要及时防虫除草。此外，也可用废旧报纸等覆盖畦面，可起到较好的抑草作用。
②地膜覆盖抑草：采用地膜覆盖，杂草长出顶膜上烫伤至死。要提高地膜覆盖质量，一般覆盖质量好，杂草生长也少。在薄膜覆盖条件下，高温、高湿，杂草又是弱苗，能有效地控制和杀灭杂草，有色薄膜以黑色地膜覆盖抑草效果最好。但不可用除草地膜（含有化学除草剂）覆盖除草。
5.他感作用治草
自然界中，植物间也存在着相生相克的关系，他感作用治草是利用某些植物通过其强大的竞争作用或其产生的有毒分泌物来有效抑制或防治杂草的方法。如小麦可防治白茅，三叶草防治金丝桃属杂草。利用他感植物之间合理间（套）作或轮作，趋利避害，直接利用作物分泌、淋溶他感物质抑制杂草。
6.生物除草剂除草
是指在人为控制条件下，选用能杀灭杂草的天敌，进行人工培养繁殖后获得的大剂量生物制剂。生物除草剂有两个显著的特点：
一是经人工大批量生产而获得的生物接种体；
二是淹没式应用，以达到迅速感染，并在较短时间里杀灭杂草。利用活体微生物作为除草剂进行杂草治理的方法，主要是利用植物病原物微生物，如细菌、真菌、病毒，最常见的是真菌。
7.利用生物因子除草
①食草昆虫以虫治草是利用某些昆虫能专一地取食某种或某类杂草的特性来防治杂草的方法。
②食草动物在以草食动物治草的实践中，最成功的要数以鱼治草。
③杂草病原微生物杂草病原微生物一般都是杂草的天敌，但只有那些能使杂草严重感染、显著影响杂草生长发育和繁殖的微生物才可成为生防作用物。