地面堆码储藏选择阳光不直射、空气流通的空屋储藏。地面垫5厘米厚的稻草或麦秸，将老熟、无损伤的南瓜堆在上面。堆放方向与田间生长方向一致，码成圆锥形，每堆15～20个瓜。储藏前期夜间开窗通风换气，白天关闭遮阳。
架式分层储藏在储藏室内用木、竹或角铁搭分层储藏架，每层高度比南瓜高8～10厘米。储藏架上铺3～5厘米厚的稻草或麦秸，然后将南瓜排放在架上，摆放状态与堆藏相同。架式分层储藏的效果优于地面堆藏。
地窖低温储藏在地窖地面上铺3～5厘米厚的细沙（或麦秸、稻草），上面堆放2～3层瓜；也可以将南瓜放在分层储藏架上。窖内温度控制在7～10℃，相对湿度保持在70%～80%。