茎部症状：开始在茎基节间产生纵向扩展的不规则状褐色病斑，随后缢缩，变软或变硬，后期茎内部空松。剖茎检视，组织腐烂，维管束呈丝状游离，可见白色或粉红色菌丝，茎秆腐烂自茎基第一节开始向上扩展，可达第二、三节，甚至第四节，极易倒折。
叶片症状：主要有青枯、黄枯和青黄枯3种类型，以前二种为主。青枯型也称急性型，发病后叶片自下而上迅速枯死，呈灰绿色，水烫状或霜打状，该类型主要发生在感病品种上和条件适合时。黄枯型也称慢性型，发病后叶片自下而上逐渐黄枯，该症状类型主要发生在抗病品种上或环境条件不适合时。青枯、黄枯、茎基腐症状都是根部受害引起。研究表明，在整个生育期中病菌可陆续侵染植株根系造成根腐，致使根腐烂变短，根表皮松脱，髓部变为空腔，须根和根毛减少，使地上部供水不足，出现青枯或黄枯症状。
茎基腐病发生后期，果穗苞叶青干，呈松散状，穗柄柔韧，果穗下垂，不易掰离，穗轴柔软，籽粒干瘦，脱粒困难。夏玉米则发生于9月上中旬，一般玉米散粉期至乳熟初期遇大雨，雨后暴晴发病重，久雨乍晴，气温回升快，青枯症状出现较多。在夏玉米生季前期干旱，中期多雨、后期温度偏高年份发病较重。一般早播和早熟品种发病重，适期晚播或种植中晚熟品种可延缓和减轻发病。一般平地发病轻，岗地和洼地发病重。土壤肥沃、有机质丰富、排灌条件良好、玉米生长健壮的发病轻；而砂土地、土质脊薄、排灌条件差、玉米生长弱的发病重。