一、黑木耳绿霉病
症状：菌袋、菌种瓶、周围及子实体受绿霉感染后，初期在培养料或子实体上长白色纤细的菌丝，几天后，便可形成分子孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落变为绿色、粉状。
防治：保持耳场周围环境的清洁卫生；耳场必须通风良好、排水便利；出耳后每3d喷1次1%石灰水，有良好的防霉作用，若绿霉菌发生在培养料表面且尚未深入料内时，用pH10的石灰水擦洗患处，可控制绿霉病菌的生长。
二、烂耳（又名流耳）
症状：耳片成熟后，耳片变软，耳片甚至耳根自溶腐烂。
防治：针对烂耳的原因加强栽培管理，注意通风换气、光照等；及时采收，耳片接近成熟或已经成熟立即采收。
三、耳菌块防霉菌
木耳菌块防霉菌污染时导致木耳菌块减产、影响产品质量的一个重要原因。产生原因为：栽培管理措施不当；培养基灭菌不彻底；菌种质量不纯，或木屑菌种多次代传，降低菌种生活力；塑料袋韧性差，在操作管理中被刺破；环境条件差。这些均能导致霉菌发生。青霉、木霉是木耳菌块上最常见的杂菌。
防治措施：选用抗霉能力较强的菌株；选用新鲜原材料越夏；保护环境清洁，出菇期间，在采收第一批耳后，每3-5d在地面喷1次1%石灰水，或1%-2%煤皂溶液，或0.1%多菌灵，或交叉使用，以控制杂菌生长。加强水分管理，要根据菌块水分散失情况和空气流量情况喷水。