棚室黄瓜在栽培管理过程中常常出现弱棵、畸形瓜甚至死秧等，这些都直接或间接地与根系弱、根系受伤有关，所以说棚室黄瓜管理中，培育发达的根系是抗病、增产的前提，只有根系好，其植株才能健壮，产量才会高。
第一，定植前要深翻土壤，并施腐熟的有机肥，为根系生长创造良好的土壤环境。深翻土壤并不是只用旋耕机来翻地(旋耕机的耕作层太浅，只能深入地面15厘米左右)，最好是用铁锨翻到深25厘米以上，能为黄瓜的生长提供良好的土壤通透性条件和营养供应。
第二，定植时可穴施生物菌肥，以菌抑菌，增强作物根部的抗病能力。生物菌肥还有刺激生根的作用，在黄瓜定植时穴施生物菌肥，进行防病促根，可有效防止死棵。
第三，蹲苗后及时中耕锄划，促根下扎。缓苗后要及时进行蹲苗，以达到壮苗促棵的目的。蹲苗过程中，要中耕锄划2～3次，以改善土壤通透性，确保土壤墒情，引根下扎，培育发达的根系。
第四，黄瓜进入结瓜期，在根系、坐果都不好的情况下，应做到先养根后促果。一是根部灌施生根剂，叶面喷施叶面肥、细胞分裂素。灌施生根剂促进发根，补充叶面肥，提供叶片生长所需的营养，延缓叶片衰老，达到尽快促根的目的。二是使用高氮高钾的冲施肥，这样既可满足黄瓜瓜条生长所需的营养，又可促根壮秧，促进叶片快速转绿，达到养根促果的目的，但是一定要注意每次使用冲施肥不要过量，以免产生肥大烧根、伤根现象。三是注意协调好营养生长和生殖生长的矛盾，平衡结瓜和养秧壮棵的关系。结瓜期及时疏瓜，不要养大瓜、老瓜，尽量不要过多使用激素处理瓜及瓜秧，防止根系早衰，秧苗老化，实现瓜秧壮、根系强、连续结瓜、产量高的目的。