（1）培养和选用优质菌种优质菌种：一是种性要好种，具备高产、优质、抗逆性（含抗病虫）强的特点；二是纯度要高，无病虫感染。最基本的还是培养抗病抗虫能力强的新品种和新菌株；三是菌龄适宜。老化的菌种，不但生生机差，而且污染的机率多。选用菌种时，如果忽视了后两点，经常是造成制种期或发菌期受病虫感染严重的主要起因之一。如草菇的菌丝纤细，不浓密，生长快，但容易老化、自溶。如果瓶内菌丝萎缩，或部分菌丝涌现自溶景象，或菌龄超过30天以上的，则是老化菌种。播种老化菌种后，不仅菌丝恢复慢，长势差，产量低，而且易受病虫感染。所以菌龄应选用20天左右的为最好。香菇菌种适宜的菌龄是以菌丝长满瓶后即使用为好，通常在45—50天，用这种菌种，接种后菌丝萌发快，生生机强，污染率低。
（2）调节好适宜的酸碱度食用菌对pH的恳求，除草菇喜碱性外，大多喜偏酸或中性的环境。而大多数病原菌喜中性或偏碱性的环境。因此，在制造菌种时，可添加适量的过磷酸钙，将培养基调酸一点，既可抑制病菌的发生，又可为食用菌供给一定的磷素。在菇床上如发现一些喜碱条件的病菌，如白色石膏霉、褐色石膏霉，可将过磷酸直接撒在发病料面上。
草菇播种后，培养料有由碱变酸的趋向，依据草菇喜欢碱性环境的特点，可联结喷水和在每潮菇采收之后，用pH9的石灰水喷洒，以满足草菇生长对pH的需要，同时又可抑制与草菇争夺养分、。水分的鬼伞类的发生。因为鬼伞类喜欢酸性环境，在中性或微碱性环境则生长不良。一些在中性或微碱性环境液也能生长良好的菇类如蘑菇、平菇，栽培时所用的原料（稻草、棉籽壳等）可用1％—2％石灰水调配，采菇后也可用石灰水（上清液）喷洒。
（3）加强栽培管理，提高食用菌抗病抗虫能力发菌期管理要以能增进食用菌菌丝生长又能抑制病菌发生为目标。采取的办法主要是：
①恰当降温培养大多数病菌是喜高温的，食用菌除草菇外，恳求的温度较低。因此，接种后培养温度应节制在25℃以下。恰当降温培养，固然菌丝生长速度较慢，但粗壮有力，而病菌显然减少。
②降湿培养食用菌在菌丝体生长期恳求的空气相对湿度也比较低，因此，在发菌期空气相对湿度应维持在60％左右，能够有效得抑制病菌的发生。
③及时翻堆检查接种7天落伍行一次翻堆检查，发现受病菌侵染的，程度轻的菌袋可用75％酒精或1：3甲醛溶液注射患处；感染严重的，运用比原菌袋大一点的袋子套上扎紧，重新灭菌、接种。切忌将污染的菌筒脱袋晒干再用，让病菌孢子四处飞扬，造成严重的反复感染。
出菇期管理要留意科学用水，不干净的水是会传播病菌的媒介。因此，菇房的水分管理，一是要保证用水干净，在难以保证的情况下，可用150毫克／升漂白粉溶液喷洒。二是喷水要促控联结，该多则多，该少则少。覆土后前期要轻喷、勤喷，待快出菇时才重喷出菇水。到出菇期，菇多时多喷，菇少时少喷。
菇床喷水之后要联结通风。大多数病菌喜高温高湿，菇床一旦涌现病害，应停滞喷水，加大通风量。
此外，应调节好菇房适宜的光、温、水、气等生态条件，使食用菌菌丝生长茁壮，加强生生机和提高抗逆性，能以茂盛的长势，抑制病菌的发生和蔓延。