近年来，由于气候、肥水和管理措施不当，导致南瓜病虫发生普遍，危害严重，每年减产15-20%，大发生年份损失高达60%以上。那么如何防治南瓜的病虫害的发生呢？
对于南瓜的病虫害防治要以预防为主，综合防治。在预防病害方面：加强通风透光，增施有机肥，保持植株健壮生长，同时适量喷药，以波尔多液为主，每10～12天喷1次，花前喷240倍等量式波尔多液，坐瓜后喷200倍等量式波尔多液，如病害已发生，可针对病害种类选择其他高效低毒杀菌剂。
常见的病害有炭疽病、疫病、霜霉病等，可用百苗清烟雾剂防治，对于枯萎病应及时拔掉病株，拿到室外烧毁，对带病的土壤应及时撒上生石灰消毒。害虫主要是蚜虫和白粉虱等，可采用敌敌畏烟剂熏杀，22%的敌敌畏烟剂用量为990～1320克/公顷。