变频磁化水灌溉技术是在磁化水灌溉技术的基础上进行了进一步的研究，使大分子水团变成更小的水分子团，甚至单个水分子，并且提高了磁化水灌溉技术在不同地区的适应性，提高了磁化水灌溉的增产效果。本文就其原理作相关阐述。
一、水的氢键介绍
水的氢键不像化学键那样牢固，它是一种分子间的力。在液态水中，氢键不断地断开和结合，它是处于一种动态平衡中。在一定条件下，液态水氢键的动态平衡所需要的能量是由水分子的热运动所提供。
二、变频磁化水技术对氢键的破坏
在一定强度磁场作用下，大分子团的水被磁场切割成小分子团或单分子，由光谱学证明，被磁化后的水分子氢键由104.5°减小到103°，表明氢键被破坏，甚至被断开。其原因首先是水在一定强度的磁场作用下，磁场为水分子的热运动提供了一定的能量，能量虽然很小，但还是有利于平衡向右移动，这必然将导致一部分氢键被破坏或者断开。其次是水分子是一种极性分子，它存在正电荷和负电荷，在磁场作用下正负电荷将受洛伦兹力的作用，阴阳离子按磁场南北极方向被推向相反的方向，这样导致偶极的取向发生变化，使水分子氢键发生扭曲变形被破坏甚至断裂。
存在于液态水中的水合离子也在磁场洛伦兹力的作用下，做螺旋式的圆周运动，且正、负离子旋转方向相反，当正负离子做相反方向旋转时，就会将连接在它们之间的氢键扭断，使水的结构发生变化。
因此，磁化水能使水中的氢键断开，破坏水原来的结构，但是，由于不同地区水的自然频率随着水温、流速、压力、硬度、矿化度、黏度和pH值的不同，其水的自然频率也不相同，氢键断开的难以程度也不相同，若以某种固定频率引起水分子氢键的断裂，其效率并不是很高。然而，当电流以某个频率段连续变化时，而此频率段可以覆盖各种水质的自然频率，就可以更有效地使大的水分子团氢键瞬间断开，使磁化水的效率达到最高。