冬瓜喜温耐热，不耐低温贮藏，低于10℃往往会发生冷害。贮藏适宜温度为10～15℃，相对湿度为70%～75%，要求通风良好。冬瓜含水量较高，嫩瓜及过分成熟瓜都不宜贮藏，所贮藏的冬瓜要求是晚熟大型、皮厚、肉厚、质地致密、品质较好、表面青皮发亮、布满蜡质的品种，达九成熟。采收前7～10天，生长田应停止灌水，采收时留3～5厘米的瓜柄，在天气凉爽时（最好选择早晨）用剪刀剪摘。搬运过程中应轻拿轻放，严防擦伤、碰伤，特别注意应严禁抛落、滚动，以免造成内部损伤，给入库贮藏造成隐患。
贮藏窑库的大小根据所贮冬瓜数量决定，农家自备窑库以30立方米为宜，能贮5000公斤。窑库多为半地下方式，即建造窑室高约3.6米，地表上下面各占1.8米，四周设有窑库窗，前后左右对开，以便于通风、换气使用。这种结构的建造，具有恒温性高、凉爽、通风简便、干湿度易控制的特点。在冬瓜入库前2～3天应以高锰酸钾烟雾熏蒸窑库密闭，全面进行库内消毒灭菌处理。
在窑库摆放时一定要注意，应根据冬瓜在田间生长时的状态进行相同的状态摆放，即田间是竖立着生长的，贮藏时也应竖立着摆放，田间是爬地横着生长的，贮藏时也应横着摆放，切不可错置，这样贮藏时间便可以更长一些。贮藏时间，特别是冬瓜刚入库时，应注意加强通风，在中年气温较高时，要打开库窗进行通风换气，既可散热降温，又可排除潮气，降低环境湿度，保持库内干燥状态。冬瓜贮藏期，只要能掌握好温、湿度环境条件，一般可贮藏3～4个月或更长时间。