近年来，随着食用菌生产技术的不断发展，食用菌栽培逐渐成为我国农业生产废弃物处理的途径之一。但是，随着食用菌产业的迅速发展，也产生了越来越多食用菌栽培后的菌糠，这些菌糠大多被菇农随意丢弃，形成新的农业废弃物污染。研究表明，食用菌的废弃培养料可以再次利用、变废为宝。
做菌糠饲料
据试验，作物的糠壳和秸秆等，栽培食用菌后，其角质层被破坏，呈疏松的多孔状，易碎成粉，有香味，饲喂畜禽适口性好。同时，其营养价值明显提高，粗蛋白质和粗脂肪的含量较不栽培食用菌的粗料提高一倍以上，粗料中的粗纤维降低50%左右，木质素降低30%左右。用菌糠饲喂猪和牛，增重效果明显。喂猪，用占日粮20%的菌糠与基础饲料（饼、麦麸、酒糟、青料等）混合，饲喂123天育肥出售，成本降低50%左右。喂牛，菌糠日用量为日粮的1/3左右，与青草配合饲喂，牛表现食欲好、增重快。另外，用菌糠喂鸡、鸭、鱼效果也很好。菌糠做饲料是食用菌下脚料利用的一个新途径，应广泛总结经验，逐步推广。
做菌糠肥料
食用菌菌糠含有大量的有机质及氮、磷、钾等营养物质，是一种无病虫害的有机物质，可为作物提供良好的腐殖质，对改良土壤、提高土壤肥力具有重要意义。在果园内结合深翻改土、深施掩埋食用菌废菌糠，可改善土壤理化性状，提高果品品质，起到增产增收的效果；在蔬菜种植中，将食用菌栽培废料按比例配入栽培基质，可使作物出苗整齐、叶色浓绿、叶片厚而挺拔、植株生长矮壮、病株率下降及成苗率提高；在花卉种植中，把废菌糠与肥土混合后堆积自然发酵，用作花卉、苗圃的基肥，可改善土壤结构、增加开花量、延长花期，使花色艳丽。每亩用菌糠4000千克，分别施在小麦、玉米和大豆植株上，分别比不施用的对照增产28.7%、10.6%、30.6%。
再次作为食用菌的培养料
实践证实，菌糠可以再次利用栽培食用菌。培养料为棉籽壳栽培木耳的废料，经暴晒、粉碎处理，测定养分结果：干物质87.2%，粗脂肪0.44%，粗蛋白11.8%，粗纤维22.45%，无氮浸出物46.07%，灰分6.48%，可用于栽培草菇、双孢菇、鸡腿菇、榆黄蘑等。香菇废料可代替牛粪栽培双孢菇，金福菇废料可栽培金针菇和鸡腿菇。据报道，金针菇栽培料中加入适量（30%～45%）的香菇菌糠，对金针菇生长发育有促进作用，能增产30%。这是因为香菇菌丝侧重于分解木质素，而金针菇则侧重于分解纤维素。实践证明，一般木腐菌菌糠都可以用来栽培草腐菌，木腐菌菌糠也可适量再利用栽培木腐菌。如庆元县利用占总料量20%的废菌料替代20%～50%的麦麸和12%～20%的杂木屑栽培香菇获得成功，既节约生产成本，又减少了原材料的消耗。
做燃料和沼气池投入料
食用菌材料中成分最多的是玉米芯、木屑、棉籽壳等，这些都是很好的燃料。将出菇后的废料晒干，可做生产菌种和熟料栽培时的灭菌燃料，或者作为生活用燃料，这样既节约了能源，又节省了生产投资，同时也解决了废料造成的环境污染问题。目前，作为燃料的使用方式，一是直接燃烧；二是加工成机制木炭；三是作为锅炉燃料；四是作为气化炉填料；五是作为沼气池投入料。将食用菌废料投入沼气池发酵，在严格的厌氧条件下，经微生物作用分解有机质，产生大量沼气，成为清洁能源，用做煮饭、烧水和照明等日常生活能源。
做生态养殖链条的基料
夏天将食用菌菌糠与畜禽粪便按一定比例混合，牛马羊粪与菌糠比例为4∶6，鸡猪粪与菌糠比为3∶7。选择大田或田间地头林下等不积水的闲杂地块，开沟挖1～1.2米宽、0.5米深的畦，长度视养殖量而定，然后将配好的料加入定量的尿素发酵一段时间后，至少两周将料投放畦内，引入蚯蚓种就可进行蚯蚓养殖。养殖好的蚯蚓可以干制做蛋白饲料，也可以直接喂鸡鸭。这种半人工化养殖，每吨废菌糠组合的料平均可产鲜蚯蚓400～450千克、蚯蚓粪500千克（蚯蚓粪又可用来栽培双孢菇、鸡腿菇等草腐型食用菌，也可做有机肥料培肥地力，是生产无公害和有机蔬菜的上好原料）。随着养殖业的发展，畜禽粪便污染越来越严重，这种养殖模式无疑会在减轻污染方面起到重大作用，使生态养殖链得到良好地发展，在创造良好经济效益的同时，也实现了社会效益和生态效益的有效结合。