1、选用抗病、耐病品种番茄病毒病原多，且有株系分化，在田间常常混合发生，大部分品种都只是抗部分病毒病，目前尚无高抗病毒病品种。
2、实行无病毒种子栽培播种前用清水浸种30分钟，再放入10%磷酸三钠溶液中浸40—50分钟，捞出后用清水冲净后再催芽播种，或用0.1%高锰酸钾浸种30分钟。
3、实行轮作换茬避免间套作和连作，减少和避免番茄病毒病土壤和残留物的传毒，减轻病毒病的发生；育苗地和栽植棚地应彻底清除带毒杂草，减少病毒病的毒源；推广配方施肥技术，喷施爱多收6000倍液，增强寄主抗病力。
4、初期喷药控制在发病初期（5—6叶期）开始喷药保护，药剂为3.85%病毒必克500倍液进行叶面喷雾，药后隔7天再喷1次，连续喷3次。也可用1.5%植病灵800倍液，或20%病毒A500倍液喷雾，还可用5%菌毒清水剂400倍液，或高锰酸钾1000倍液。
5、早期防蚜虫、粉虱育苗地和栽植地尽早应用吡虫啉或高效大功臣喷药防治杂草、周边蔬菜上的带毒蚜虫、粉虱，杜绝蚜虫、粉虱等昆虫媒介传播，尤其是高温干旱年份要注意及时喷药防治蚜虫、粉虱等，可有效地预防侵染，减轻番茄病毒病的发生危害。