马铃薯良种繁育中，除了推广应用脱毒种薯繁育技术外，还可以应用马铃薯株系选种技术，同样达到选优提纯、保持品种的优良性状、提高繁殖系数，加速推广优良品种，充分发挥良种增产作用的目的。按照不同地区马铃薯的栽培特点，建立相应的留种田，采取适宜的留种技术，就能有效地防止退化，延长品种的使用寿命。
一、选优留种法
这是就地解决留种的一项重要措施。选优方法包括去杂去劣留种、单株混合留种、株系选种等。
1、去杂去劣留种技术：适用于退化轻微、退化株率低的留种田。第一次苗期除去卷叶、皱缩花叶、矮生、束顶等病株，早期消灭病源，有效防止病毒扩大侵染。第二次开花期拔除田间表现退化的植株或病株及花色、株型不同的杂株。第三次收获前将植株矮小或早期枯死的病株拔除，并检出根部所有薯块；收获后再进行选薯，将畸形薯及病烂薯淘汰，选择具有原品种典型性的块茎入窖。
2、单株混合留种技术：花期选择生长发育健壮无退化表现，并具有原品种典型性状的植株，做好标记，生育后期复选1～2次，剔除病株。收获前挖出表现好的植株，将具有典型薯形无病的单株块茎混合一齐，供下年留种田用。
3、株系选种技术：第一年单株选择，选择方法同单株混合选种相同，只是在收获时各单株分别装袋贮藏。第二年株系比较，每个单株10～20株称为一个株系，整薯播种，若切块时，切刀必须严格消毒。生育期多次观察，淘汰感病株系（株系内有一株感病的即淘汰），入选高产、生育整齐一致、无退化症状的株系，混合后用作下年原种繁殖。第三年原种繁殖。按大田生产方式播种，在苗期、开花期及收获前拔除病株，清除病薯，其余优良单株收获后，即可作为留种田种薯，在留种田繁殖一年后生产出的一级种，用于大田生产。
4、夏播留种技术：为避开蚜虫传播病毒高峰期，提高种薯质量，把种薯的播种时间推迟到6月底或7月中旬播种的方法称为夏播留种法。
5、小整薯播种技术：选择健壮植株结的小薯整薯播种，能有效防止通过切块传播病害蔓延，充分利用顶芽优势，保证苗齐苗全，具有显著的增产效果。注意收获前先拔除退化植株和剔除退化小薯。
在冷凉山区建立种薯基地，冷凉山区病毒繁殖慢，毒源少，马铃薯生长发育健壮，抗病力强，因而种薯含病毒量较低，增产效果明显。
二、高倍繁殖马铃薯种薯
1、切单芽块法：马铃薯块茎每个芽眼有一个主芽和两个以上的副芽，一般情况下主芽发芽，当主芽被破坏后，副芽则可以萌发长成植株，这样就可以充分利用主芽和副芽，起到加大繁殖系数的作用。具体做法是：播种前一个月，将种薯催芽，待种薯萌发小芽时，按芽眼切块，选择高海拔、气候冷凉地区水肥条件较好的地块播种，要精细整地，保证全苗。
2、掰芽育苗法（芽栽法）：正常播种前2～3个月，将种薯催芽后按芽切块，播种到温室或育苗床上，保持适当湿度和20℃左右的温度，待幼苗长到6～9厘米时，将芽苗从芽眼基部掰下，栽入塑料大棚或温床，控制温湿度，等室外环境适应时，再向繁殖田移栽。尽早中耕培土，保持土壤温湿度，加速生根，促进缓苗，再中耕培土2～3次，促进块茎肥大，提高产量。掰芽后，苗床再喷水覆土，继续育苗，一般可掰芽3～4次。
3、分株繁殖法：播种后的马铃薯长出2～3个高10～15厘米的茎时，每穴只留一株外，其余的茎连根从薯块上掰下，直接坐水栽到空垄上。成活后，中耕培土2～3次，以利结薯。