果实贮藏前，要对果实贮藏地点的周围和包装容器进行严格消毒，避免在贮藏期间发生病害。因为采收前后致病微生物的侵染，以及贮藏环境和包装容器消毒不严格，或管理不善等，都容易引起彩椒在贮藏过程中发病或腐烂。
果实在贮藏时发生病害与果实受损和贮藏环境条件不利密切相关。
（1）果实在贮藏过程中，容易受到冷害的影响。冷害的表现是当贮藏的温度下降到冰点时，组织内的游离水结冰，细胞开始死亡，细胞原生质胶体凝固，体积膨胀，细胞壁破裂，色素受到破坏，表皮呈现出不正常的褐斑，严重降低了果实的贮藏性和品质。冷害是一个逐渐变化的过程，所以要特别注意贮藏温度的变化。
（2）果实结露对贮藏保鲜极为不利，这是由于贮藏环境中温、湿度的变化，使果实表面凝结一层细小的水滴，为微生物的孳生创造了良好的条件，最终造成果实腐烂。注意在贮藏过程中应对已经结露的果实及时采取吸湿措施，以保持果实表面干爽。
（3）在贮藏过程中由于水分不断蒸发，果实逐渐萎蔫，彩椒果实表皮呈现萎缩状态，降低鲜嫩度，严重影响果实的外观和口味。因此，要加强对果实外观变化的观察，提前检出要萎蔫的果实上市。
为解决上述问题，在贮藏过程中应定期监测贮藏环境的温、湿度，保持稳定的温、湿度条件。