果树根癌病主要发生在土壤粘重排水不良的果园，其果树受害后，水分、养分流通受阻，树势逐渐衰弱，叶片变薄变黄，生长缓慢，果实变小，树龄变短，严重时则死树。其防治应从源头抓起，综合防治。
1、慎重选择苗圃地。要在无病土处建立苗圃，不用老苗圃或老果园作果树育苗地。
2、苗木出圃严格把关。苗木出圃时需逐一检查根部，发现病株应立即淘汰。对其它苗木可选用以下方法①将嫁接口以下的根部浸入100倍硫酸铜溶液中5分钟，然后再放入50倍石灰水中浸1分钟；②用K84的5倍菌液浸根；③用3—5度石硫合剂进行全株喷洒。
3、改良土壤。一是对土壤粘重、通气不良的果园，种植绿肥或增施有机肥；二是对碱地果园，适当施入酸性肥料；三是其它措施要配套。即雨季及时排水，降低地下水位；生长季节雨后及时中耕除草等。
4、保护树根。果园耕作时避免伤根，同时注意地下害虫防治，减少伤口，避免病菌侵入。
5、病树治疗。一对发病轻的果园，应扒开病树根部，去除病瘤，①用100倍硫酸铜溶液或5度石硫合剂或40%福美砷50倍液等药剂消毒后，用1：2：100波尔多液或K84的5倍液抹，然后再用100倍硫酸铜溶液浇灌果树根际土壤；②40%福美砷50倍液涂刷后，用843康复剂或波尔多浆涂抹保护。二对发病重的大树，刨掉烧毁。