水稻烂秧是烂种、烂芽和死苗的统称。播种后种子不发芽而逐渐发黑腐烂称烂种；扎根以前，幼芽跷脚，黑头黑根，以致腐烂死亡，称烂芽；幼苗在2、3叶期死亡称死苗。近年来，水稻烂秧是一个比较突出的问题，低温阴雨年份尤其严重。
1、发生原因
根据发生机理，水稻烂秧分为生理性烂秧和侵染性烂秧两类。生理性烂秧是由环境条件不适而导致生理失调引起的；侵染性烂秧是由病菌侵染引起的。按照症状的不同，侵染性烂秧可分为青枯型和黄枯型。青枯型死苗，病株最初叶尖停止吐水，继而心叶突然萎蔫，卷成筒状，随后下部叶片很快失水萎蔫卷筒，直至全株呈浓绿色而枯死，病株根系呈暗色，根毛稀少。黄枯型死苗，从下部片开始，由叶尖向叶基逐渐变黄，向上部叶片蔓延至心叶，最后植株基部变褐软化，直至全株呈黄褐色而枯死；病株根系呈暗色，根毛稀少，根易拔起。
不良的外界条件常能诱发病菌侵染，发生传染性烂秧。例如2、3叶期遇低温阴雨，秧苗活力削弱，多种病菌会乘机侵害根系，影响根系的吸水能力；在冷后暴晴，温差过大时，病苗又迅速发生水分供不应求，从而呈急性青枯；如果较长时间持续低温，则病苗会出现营养物质供不应求，使叶片逐渐褪绿而呈慢性的黄枯。侵染性烂秧开始时零星发生，以后迅速向四周蔓延，严重时出现整片秧苗死亡。生理性烂秧与侵染性烂秧的重要区别之一是前者无发病中心团，后者有发病中心团。
2、防治措施
（1）注意天气预报，做到抢晴天播种。水稻播种要求日平均气温稳定在12℃以上，低于12℃或低温持续4天以上易发生烂秧。在上述气温指标范围内各地应注意当地天气预报，掌握冷尾暖头，抢晴天播种。这样，播种后只要有3-5个晴天，幼根扎下后，再来寒潮时就不易受害了。
（2）采用先进的育秧技术。目前推广的早育稀植、软盘抛秧、薄膜湿润育秧等技术均为先进的育秧技术，运用得当，均可有效的防止烂秧，如采用水育秧，墒面一定要平整，泥土软硬要适当。
（3）合理施肥。施肥原则是施足基肥，追肥应少“吃”多餐，先淡后浓，提高磷、钾比例。对弱小苗不能大肥大水，可先施适量的淡粪水，待秧苗生长正常，开始分蘖时再追施较多的肥料。每亩秧田可施15-20千克草木灰，既增加了钾肥，又能提高土壤温度。
（4）科学管水。芽期主要是扎根立苗，应保持墒面湿润，不要过早灌水，以保证氧气需要，防止徒长。无论是早稻、中稻、还是晚稻，育秧播种至现青、墒面切不可留水层，晚稻育秧时天气炎热，蒸发量大，可在早、晚灌“跑马水”。水稻苗期具有干长根、湿长芽，气长根、水长芽的特性，故播种至现青阶段，主要矛盾是增加土壤氧气，而不是水分。晚稻育秧亦根据“不怕晒，就怕煮”的特性，合理管水。早、中稻育秧遇上寒潮、暴风雨、冰雹或霜冻时，短时间灌水护芽，至2、3叶期，可相应加深水层，但不可淹顶，早晨排水，下午4时以后再灌水。
（5）药剂防治。一旦发生烂秧可选用95％绿亨一号（恶霉灵）精品4500倍，或25％甲霜灵可湿性粉剂800倍液，或65％敌克松700倍液。如果发生立枯病、绵腐病，可首选40％灭枯散可湿粉剂或30Y立枯灵500倍液。提倡喷洒壮丰安水稻专用型植物生长调节剂或植物动力2003，能有效地防治病害，使秧苗恢复生机。