水仙鳞茎腐烂病多发生于鳞茎基部和根部。贮藏期间，鳞茎根盘部遭病菌侵害后，向上迅速延及鳞茎向内部扩展，病斑同时也向周围蔓延，但速度较慢，感病部位变褐色或紫褐色。鳞片间有时产生白色或粉红色丝状物，即为病菌的菌丝体和分生孢子。后期病球肉质鳞片呈干腐海绵状剥落。病轻的鳞茎作种栽植，长出的植株矮化，叶短小，呈浅黄绿色，并逐渐出现褐色斑点，地下部根少，根毛和细根水渍状变褐腐败，最后整个鳞茎腐烂，植株枯死。
水仙鳞茎腐烂病是由半知菌亚门，丝孢纲、瘤座孢目、瘤座孢科、镰刀菌属的水仙尖镰孢菌侵染引起的。病菌的无性孢子有大型镰刀形的分生孢子，小型椭圆形的分生孢子和圆形的厚垣孢子。以三种孢子进行侵染传播。
水仙鳞茎腐烂病菌以菌丝体和厚垣孢子在带病鳞茎、病残体、病根和土壤度过不良环境。从昆虫咬伤和机械伤口侵入，也可直接侵入健康根系。适宜病菌侵染的土壤温度为23-32摄氏度，最适为28-30摄氏度，低于13摄氏度，病菌很难侵染。降雨的地表径流，灌溉水流等可使病菌在田间传播。鳞茎的挖掘、清洗和分级等操作过程，若将病、健鳞茎混在一起，将大大增加感染的机会。土壤偏酸，多雨潮湿，粘重积水。氮肥过多，都有利于病害的发展与蔓延。
防治方法
1、挖掘、挑选和分级操作时避免产生伤口，迅速干燥，贮藏于冷凉、干燥和通风的地方。
2、收获后，贮藏前，种植时仔细检查，剔除带病鳞茎，集中销毁。
3、种植前用50%苯来特800-1000倍液浸泡20-30分钟。