因未腐熟的人粪尿中含有很多传染性病菌和寄生虫卵。如把这种粪肥不经堆沤或消毒解决就直接泼施在绿叶蔬菜上，就会造成蔬菜严重污染，从而导致多种传染性疾病的发生和寄生虫病的传染。人粪尿应经过密封堆沤、沼气池发酵或药物解决等无害化解决后方可施用。家畜粪肥中因混有大批的杂草种子，施肥后会造成蔬菜草害。因此，施用前必须经过高温（50—70℃）堆沤1—2个月，才能够施用。
