孵化厂应建有专用蛋库，以妥善保存种蛋。蛋库要求清洁、无灰尘、隔热性能好，通风防湿，避免日光直射和穿堂风，无蚊蝇和鼠害等。在生产中，还可利用地窖、地下室来保存种蛋，有条件的种鸡场可在蛋库内安装空调器。
蛋库内的温、湿度对种蛋保存至关重要。鸡胚发育的临界温度为23.9℃，库温超过临界温度鸡胚就会开始发育，但因温度不足不能满足代谢需要而很快死亡；库温低于10℃，孵化率就会降低，低于0℃时种蛋就会因受冻而失去孵化能力。因此，保存种蛋最适宜的温度是：保存一周以内以15℃左右最好，一周以上以12℃为宜。为防止蛋内水分蒸发，蛋库内相对湿度应保持在75%-80%.室内还应注意通风，使室内无特殊气味。种蛋保存一周内不需翻蛋，超过一周则每天要以45度角翻蛋1-2次，防止胚胎与蛋壳发生粘连。
另外，种蛋保存期间不要洗涤，以免蛋壳表面的胶护膜被溶解破坏，加速蛋的变质。