1、综合治理
贯彻“预防为主，综合防治”的植保方针，通过培育壮苗，栽培管理，改善和优化小尖椒生长环境，营造一个不利于病虫害发生的环境条件；优先采用农业防治、物理防治和生物防治，必要时使用化学防治，禁止使用国家明令禁止的高毒高残留农药，推广使用高效低毒低残留农药，并严格按照安全间隔期采收。
2、农业防治
包括加强栽培管理，实行轮作制度，合理布局茬口，选用前作未种植茄果类蔬菜的田块等农艺措施。具体如种子处理，苗床消毒，培育无病虫害壮苗；高温闷棚杀菌；清洁田园，及时清除病株、病枝、病叶、病果等，降低病虫源数量；精细管理，改善菜地环境等。
3、物理防治
定植时采用银灰色地膜覆盖，或插小竹片并吊银灰色膜条以避蚜，或在大棚内悬挂黄色粘虫板，以粘住蚜虫、白粉虱；采用防虫网覆盖，以阻隔害虫侵入棚内为害和产卵；或利用频振式杀虫灯、性引诱剂等诱杀夜蛾科害虫，从而杀灭成虫，降低田间产卵量，减少害虫基数，控制害虫为害蔬菜，尽量少用或不用化学农药。
4、化学防治
合理选用农药，严禁使用高毒高残留化学农药，有限度地使用部分高效低毒的化学农药，并合理轮换，交替使用，能挑治的不普治，安全间隔期过后方可采摘上市。小尖椒秋延后设施栽培主要病害有病毒病、疫病、炭疽病等。病毒病是整个生长期的主要病害，发病初期可用20%病毒a
500～700倍液喷雾，隔7天1次，连喷2～3次，或1.5%植病灵乳油1000～1500倍液喷雾，受害严重的植株应拔除并消毁，以免传染。疫病以预防为主，可用25%甲霜灵可湿性粉剂500倍液、64%杀毒矾500倍液或72%杜邦克露600～800倍液，7～10天喷1次，并结合灌根连续防治2～3次。炭疽病可用50%炭疽福美可湿性粉剂800倍液或25%炭特灵600倍液，每隔5～7天喷1次，连喷2～3次。虫害主要有白粉虱、蚜虫、红蜘蛛、蓟马、茶黄蟥和烟青虫等。白粉虱、蚜虫会传播病毒病，应及早防治，药剂可选用10%蚜虱净或10%一遍净2000～3000倍液喷雾。红蜘蛛、茶黄螨、蓟马可选用1.8%爱福丁乳油2000倍或1%杀虫素3000倍液喷雾防治。烟青虫应在幼龄期喷药防治，可用5%抑太保2000倍液、10%灭扫利2000倍液或5%锐劲特2000～3000倍液喷雾，喷药应着重于植株上部的幼嫩部位，每隔5～7天喷药1次，连喷2～3次。