目前生产上防治水稻恶苗病的方法为药剂浸种，使用的药剂品种主要有901、恶苗灵、一浸灵、咪鲜胺等。有些杀菌剂在我省使用已有十余年之久，长期单一使用一种杀菌剂会造成病原菌产生抗药性，从而影响杀菌效果。浸种时对，一般还要求每天搅拌一至两次。现场调查这几种药剂都有，但具体操作有差异，不同药剂之间的防治效果也有显著差异。
低温和种子处理操作不规范对防病效果也有较大影响。药剂浸种时每种杀菌剂对药液的浓度、浸种量、温度以及浸种时间都有严格要求。今春的低温对药效发挥有一定影响。部分稻农种子处理操作不规范也导致了水稻恶苗病防治效果不理想。
1、苗床发病稻株应拔除后再移栽，移栽前最好使用药液泼浇处理苗床（咪鲜胺25%EC2000—3000倍液）。本田发现病株要及时拔除。
2、育苗时种子处理要规范，所用的浸种药剂要选用使用年头少，药效好的品种，如咪鲜安等，不同品种的稻种应单独浸种或采用纱网袋分装。
3、种子田尽量选用无病或发病轻的田块留种。