我国水污染现象比较严重，加之现有的水资源短缺，如何将污水农业资源化已经逐渐成为人们聚焦关注的问题。污水对环境有着巨大的危害性，同时污水又有着极大的可再生资源的开发空间。因此，根据污水的水质特征和用水途径以及农业环境质量的要求，选择最佳的资源化方式加以利用，应遵循以下基本原则：
1、资源化原则。要求尽可能有效地利用污水应有的潜在物能资源，在污水排放之前，将其中蓄存的物质和能量加以充分地开发和利用，使其应有的综合利用方式系统化，通过原料回收、毒物去除、有机物分离、水质变革后重复利用或低功能使用、生物营养利用及天然水资源回补等资源化利用途径的最佳组合加以利用，并使其环境危害最小化。
2、环境质量控制原则。对污水的任何资源化利用方式必须严格控制整体质量不得恶化或得以改善，利用或排放都必须满足区域或局部环境目标的要求，例如不得使水体、土壤和食品等遭受污染及危害人体健康等。
3、经济合理原则。在资源化利用的过程中应遵守经济效益最优化原则，不得产生负效益，以保障污水资源化利用的持续深入开展，在资源化开发利用的某些环节可能只产生负效益，但综合利用效益必须保证其经济合理性，其中包括政府或社会的效益补偿。
4、技术先进性原则。在资源利用和环境保护方面的技术方法发展很快，新的先进技术可以为污水资源化利用的环境最优化、经济效益最大化和资源利用的合理化提供良好的技术保障。