喷灌适宜于各种作物，不要求地面平整，可用于地形复杂，土壤透水性大等进行地面灌溉有困难的地方。但在应用过程中还存在不少问题。
1、规划设计不合理
有些灌区发展喷灌根本没有搞规划设计，仅靠管道生产厂家画个草图，依此为据进行施工。有的搞了设计，但设计单位不太懂行，致使漏喷现象很严重。还有的灌区低压管道输水系统是在原有的地面灌溉系统的前提下设计的，试压时管道爆裂。喷头的搭配不合理也是设计中的另一问题，系统中所有的喷头全部采用全圆式喷头，造成田边地角水量和能源严重浪费，增加了运行费用。
2、喷灌系统的选择问题
喷灌系统需要选择，不是所有的方法都适合所有的地方和所有的作物，因此，必须因地制宜，选择适合本地和相应农作物或园艺的喷灌系统。喷灌系统分管道式喷灌系统和机组式喷灌系统两大类：
1）管道式喷灌系统
管道式喷管系统分固定式、移动式和半固定式三类。固定式喷灌系统除竖管(也叫立管)外干管、支管都埋于地下，并有固定的首部枢纽(泵房、水泵、动力饥等)，这种喷灌系统投资较高，但管理比较方便；移动喷灌系统的所有管道都可移动作业，且水泵与动力机也是可以移动的，移动式喷灌系统可在不同田块移动作业，因此单位面积投资较低，其缺点足管理操作劳动强度较大；半固定式喷灌系统枢纽和主干管同定，支管和竖管可移动作业，半固定式的优缺点界与前两者之间。
目前看来，固定式喷灌系统应用最普遍。一般的经济作物，如蔬菜、果树、花草等都宜选用周定式喷灌系统。北方一些地区大田喷灌常选用移动式喷灌系统(铝合金管道)。半固定式喷灌系统应用最少。
2）机组式喷灌系统
机组式喷灌系统类型很多，按大小分可分为轻型、小型、中型和大型喷灌机系统。南方地区河网较密，宜选用轻型(手抬式)、小型喷灌机(手推车式)，少数情况下也可选中型喷灌机(如绞盘式喷灌机)。北方田块较宽阔，根据水源情况各种类型机组都有适用的可能性。但对大型农场，则宜选大、中型喷灌机，大中型喷灌机的工作效率较高。
3、喷灌系统运行管理问题
地面灌溉系统给夏作物龊水只有2-3次，轮期长达25天到50多天不等，可喷灌系统对大田作物的喷灌周期为7-10天。这对灌区的管理部门来说也是一个新课题。各喷灌系统建有蓄水池，其来水节与水泵的出水繁时有矛盾发生，加之水泵故障或停电等原因造成频繁停机再开机，使运行费用大大增加。水源未加过滤或沉淀，时有淤积于水泵或堵塞喷头，造成系统无法运行。
4、喷灌设备的质量问题
喷灌设备的质量好坏也直接影响着喷灌技术的推广、发展。劣质产品不仅使用寿命短，更重要的是打击人们应用喷灌技术的信心，同时也就制约了喷灌事业的顺利发展。因此，一定要严格控制产品质量。
5、农民认识不足，抵触情绪大
由于喷头质量差，加之系统压力不稳定或操作不当，导致系统不能运转，致使有人在喷头上加上橡皮筋等。农民有大水漫灌的习惯，认为喷灌的定额太小，耐旱能力小，所以有的农民随意加设喷头，有的农民连竖管拔了，用支管直接冒水浇地。
6、风对喷灌的影响
喷灌的最大克星是风，一般风力达3级就要停喷，但由于农作物在生长期内缺水的因素，且加之甘肃等西北地区长年风大，不喷作物会旱死。风使喷灌均匀度大幅度下降，出现漏喷现象，导致大量减产。