黄瓜猝倒病、立枯病是黄瓜苗期最常见的病害，一般发生在根部。
黄瓜猝倒病:种子出土前发病造成烂种。幼苗发病，茎基部产生水渍状圆形暗绿色斑，绕茎扩展后，病部缢缩变细，腰折倒伏、枯死。地面潮湿时，病部可密生白色绵状霉。严重时，幼苗成片死亡。苗床低温高湿条件下最易发病。育苗期遇雨连续几日不能揭帘时造成低温高湿环境，病害易严重发生蔓延。
黄瓜立枯病:多在床温较高或育苗后期发生，主要幼苗茎基部或地下根部，初在茎部出现椭圆形或不规则形暗褐色斑，逐渐向里凹陷，边缘较明显，扩展后绕茎一周，致茎部萎缩干枯，后瓜苗死亡，但不折倒。根部染病多在地表根茎处，皮层变褐色或腐烂，在苗床内，开始时仅个别瓜苗白天萎蔫，夜间恢复，经数日反复后，病株萎蔫枯死。
防治:做好种子消毒、床土消毒，杀灭所带病菌；出苗后喷10%阿米西达1500倍液预防；如感染了猝倒病，用98%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，连防2～3次。7～10天一次。立枯病发病后喷50%多菌灵可湿性粉剂加70%代森锰锌600倍液,也可选用50％灭霉灵可湿性粉剂600倍液，或5％井岗霉素水剂1000倍液加70％甲基托布津1000倍液进行防治。