脱毒甘薯留种比一般的薯类贮藏要更加精心，注意以下四点：
一是选无病地块留种，防止薯块带病入窖，从采苗圃剪蔓的夏薯留种很少带病，不能用春薯和炕苗、温床苗栽的夏薯留种，受水淹的地块也不宜留种。
二是适时收刨，防止窖外冻害。如果在田间受冻害，在贮藏前（入窖20天左右）就会腐烂。收刨种薯最好在10月中旬开始，霜降前收完。选晴暖天气上午收刨，当天下午入窖，这样经过中午晾晒，能减轻破皮。如不能当天入窖，必须注意覆盖防冻。若留种田遭受霜冻，要剔除露出地面受冻的薯块。
三是实行“四轻”，防止破皮。伤口是病菌侵染的门户，为防破伤，收刨时要做到轻刨、轻装、轻运、轻放，严格剔除破伤薯块，直接入窖堆放。
四是留足单放，防止侵染。留种数量，一般每栽一亩春薯要留种60公斤。单窖单放或单堆单放，不可与食用甘薯混放，不同品种也要分别存放。