选用抗病品种，实行科学轮作，避开茬口安排，根据病菌的存活期可对病田实行5年以上的水旱轮作和非十字花科作物，或在十字花科蔬菜根肿病盛发期（9-11月）不种植易感病的十字花科作物。
及时清除病株，减少田间菌源，在收后或病田换茬时要及时清除病株残体，并带出田外深埋或烧毁；在作物生长期田间发现病株要及时拔除，带出田外深埋或烧毁，并在病株喷施护树大将军消毒，以减少田间菌源。
调节土壤酸碱度，对重病田块适当施用草木灰或生石灰等碱性肥料，施生石灰于土表，然后翻挖做畦，可抑制病菌生长，减轻发病。
药剂防治，主要在夏秋十字花科蔬菜移栽定植活株后，用根施通+护树大将军浇根，防能有效控制病害的发展和蔓延。