嫁接抗病主要是靠砧木的抗病性，根据国内外人士多年研究及应用结果，现在生产中广泛使用的优良砧木主要有日本赤茄、CRP和托鲁巴姆。
(1)日本赤茄。又名平茄、红茄，是外国应用比较早的砧木品种。日本赤茄做砧木的优良特性是高抗枯萎病，中抗黄萎病，根系发达，植株的茎较粗壮。节间较短，茎和叶面上有刺，刺比较多一些。种子白色，形似辣椒籽，粗肾形，长4mm，宽3mm。很易发芽，浸种24h后，2d发芽率为23％，3d发芽率为28％，4d发芽率达93％。幼苗生长速度和一般茄子一样。日本赤茄做砧木时需比接穗早播7d，嫁接方法可采用劈接法或斜接法。由于赤茄抗病性范围较窄，在黄萎病重的地块不适宜用做砧木。
(2)CRP。CRP也是一种野生茄子，是根据产地而命名的品种。该品种的茎、叶刺较多，故也称刺茄。为茄子嫁接最新的优良砧木品种。CRP高抗茄子黄萎病，现在是我国北方普遍推广应用的优良砧木品种。
CRP种子千粒重2g，棕褐色近圆形，直径3mm左右，种子发芽率7.4％，6d发芽率65.6％，8d发芽率93.44％。
CRP苗期抗猝倒病，而易感染立枯病，较耐低温，适宜秋冬保护地栽培茄子做砧木。
(3)托鲁巴姆。托鲁巴姆品种来源于日本，此品种高抗或免疫黄萎病、枯萎病、青枯病及根结线虫病等土传病害，被称为四抗茄子砧木品种。它根系发达，地上植株长势极强，节间较长，茎和叶上刺少，种子很小，千粒重约1g。在一般情况下，种子不易发芽，需催芽。