蔬菜中的许多病虫害都是由种子带菌传播的，为此，播种前必须对种子进行消毒，常用的消毒方法有以下三种。
一、温汤浸种（热水烫种）。温汤浸种可以杀死潜伏在种子表面和内部的病原菌，其效果取决于浸种的水温和持续的时间，为了使杀菌效果效果好一些，一般在烫种前，用温水把种子泡一下，先使病原菌活化起来，而后再施加对病原菌有害的温度使其致死，烫种操作时，要在加入水之后不停的朝一个方向搅拌，以保证水温基本恒定。烫种时间到了以后，要把水温迅速降到30度左右，然后开始浸种。番茄、甜椒、茄子、黄瓜、苦瓜、黑子南瓜这六种蔬菜的烫种水温、烫种时间和浸种时间分别为50—55度、50—55度、55—60度、50—55度、55—60度、50度；10—15分钟、10—15分钟、10—15分钟、10—15分钟、10—15分钟、10—11分钟；6小时、8小时、24小时、4小时、24小时、48小时。
二、药剂处理。目的是杀灭附着在种子表面的病原菌，种子先用清水浸泡2—4小时后，再置入药剂中进行处理，药剂处理后再用清水冲洗干净，常用的处理方式有：1、用50%克菌丹可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%，防治茄子黄萎病、枯萎病、褐纹病；防治番茄枯萎病、叶霉病，用药量为种子重量的0.4%。2、用35%甲霜灵种子处理剂拌种，用药量为种子重量为0.2%，防治菜用大豆、蚕豆、大葱、洋葱、十字花科蔬菜等的霜霉病。3、用50%福美双可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%，防治萝卜黑腐病、大葱和洋葱黑粉病。用药量为种子重量的0.25%，防治茄子、瓜类、甘蓝、花椰菜、莴笋、蚕豆等苗期立枯病、猝倒病。用药量为种子重量的0.3—0.4%，防治炭疽病、白斑病、霜霉病和菜豆炭疽病等。4、用75%百菌清可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2%，防治豌豆根腐病、白菜类猝倒病、胡萝卜黑斑病等。5、用70%代森锰锌可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2—0.3%，防治白菜类猝倒病。用药量为种子重量的0.3%，防治胡萝卜黑斑病、黑腐病、斑点病。用药量为种子重量的0.4%，防治十字花科蔬菜黑斑病。6、用65%代森锌可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.3%，防治甘蓝黑根病、白菜霜霉病等。7、用50%扑海因可湿性粉剂拌种，用药量为种子重量的0.2—0.3%，防治白菜类黑斑病、白斑病，甜瓜叶枯病，辣椒菌核病等。8、用58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂拌种，用药量为马铃薯种薯块重的0.3%，防治晚疫病。
三、种子干热处理。将干燥的种子置于70度的干燥箱中处理2—3天，可将种子上附着的病毒钝化，使其失去活力，还可以增加种子内部的活力，促使种子萌发整齐一致。