该病病原菌可从冻伤、日灼伤、机械伤、修剪口和嫁接口等伤口处侵入树体，引起病害发生。冬季低温冻害及降雪天气，会造成核桃幼芽嫩梢枝干遭受冻害，为核桃树腐烂病的发生创造条件，因此要加强防治。
消毒保护。经常检查，及时将病斑刮成菱形，刮口应光滑平整，刮除范围包括韧皮部和木质部变色部分，及变色坏死组织周围1厘米左右，做到“刮早、刮小、刮了”，挂下的病屑应集中烧毁，避免人为传染。刮后涂抹1～2次杀菌剂，以保护伤口和防止病斑复发。也可用40%福美砷可湿性粉剂50倍液，或5～10波美度石硫合剂，或50%甲基托布津可湿性粉剂100倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液消毒保护。