水稻育秧期或直播田的播种期，是病虫害防治的一个重要时期，是培育壮苗、夺取高产的一个重要环节。这一时期主要病害有烂秧病、恶苗病，同时苗瘟、纹枯病等病害也开始侵染为害；而为害严重的害虫有稻瘿蚊、负泥甲、蝼蛄等。生产上应结合农业措施，同时进行种子处理和适时药剂防治。
1、病害防治
种子处理，用40%线菌清可湿性粉剂600倍液，浸种24~36小时；或35%恶霉灵400倍液浸种48h；或50%溴硝醇1000倍液浸种72h；或用25%环丙唑乳油1000倍液浸种2~3天，防治水稻恶苗病。用50%代森铵溶液500倍液浸种12~24h，防治水稻细菌性条斑病。当秧田里发现绵腐病时，及时喷洒硫酸铜1000倍液、50%福美双可湿性粉剂800~1000倍液；发生立枯病时，可以喷施20%甲基立枯磷乳油500~1000倍液、20%多·森铵悬浮剂300~500倍液等。
2、虫害防治
用90%晶体敌百虫800倍液或40%氧乐果乳油800倍液、2.5%溴氰菊酯乳油1000~1500倍液浸秧根后用塑料膜覆盖5h后移栽，防治稻瘿蚊。负泥甲成虫在5月下旬开始出现，幼虫为害盛期约6月下旬至7月上旬。在3%左右稻苗上有卵时（卵块多产在叶面及叶鞘间），可用2.5%溴氰菊酯乳油或2.5%氯氟氰菊酯乳油1000~1500倍液喷雾。蝼蛄是水稻旱育苗苗床主要害虫，因其在土壤中窜行，造成幼苗根系松动，水分抽干而导致死亡。用2.5%溴氰菊酯乳油1000倍液，在发现蝼蛄后用喷壶均匀的浇到苗床上。