水稻细菌性条斑病检疫防控的关键技术是一检、二防、三保护。
一检是加强植物检疫。各级植物检疫机构加强水稻种子产地检疫和调运检疫，严禁染疫水稻种子进入市场流通，堵住源头。疫情发生区分别在疫情发生区路口、村头、田边树立警示牌，根据当地交通运输现状，分别在出村公路和河边设立疫情封锁点，各点派2-3人专（兼）职检疫人员，从发现疫情起到水稻收割脱粒，应单收、单打、单加工，严格控制疫情发生区的稻谷、稻草、米糠等流入市场。
二防是疫情发生区扑灭重病田，防治轻病田。水稻细菌性条斑病病情指数超过80的重病田一律铲除销毁；轻病田采取药剂防治，控制病情发展，确保新叶无病症。在水稻移栽前、分蘖期和破口前各施药一次。药剂可选用独定安（50%氯溴异氰尿酸）40-60克、噻菌铜80-100克，对水30-45公斤喷雾。药剂防治时每亩加入熵茂1-2粒或碧护2-3克防效更好。对已发病田块每隔3天施药1次，用药3-5次。
三保护是预防保护区。一是选用抗病品种。二是合理轮作换茬。对新病区和有条件的老病区，尤其是发病中心田块，要进行水旱轮作，改种蔬菜、莲藕、或棉花、大豆等。三是进行种子处理。播种前先将种子用清水浸12个小时，再用氯溴异氰尿酸（独定安）或三氯异氰尿酸（强氯精）300-500倍液加熵茂30000倍液或赤•吲乙•芸苔（碧护）5000倍液浸种12小时，捞起洗净后催芽。四是加强田间管理。增施磷、钾肥，补施微量元素，防止过量、过迟施用氮肥，以提高植株抗病能力。同时加强在田水稻产地检疫，发现疫情及时控制。