1、选择抗病品种
以往顶腐病发病较重地块，要避免种植易感病品种，适当选择抗病性强的品种。玉米播种之前要用咯菌腈进行包衣处理或用多菌灵、高锰酸钾等药剂浸种杀菌后再播种。
2、提高生产管理水平
科学的生产管理可以避免或减轻玉米顶腐病的发生。在玉米苗期，趁着晴好天气进行铲趟，提高地温，可明显减轻苗期顶腐病的发生。玉米进入大喇叭口期后，要及时对玉米进行追肥，促进植株健壮生长，提高抗病能力。另外，对于发生顶腐病较重的地块，秋季利用大功率拖拉机配套联合整地机进行深翻或深松作业，翻地25厘米以上，深松在30厘米以上，深翻或深松后及时耙压，精细整地，选择和前茬远缘的玉米种子并进行包衣处理可明显减轻顶腐病的发生。
3、及时拔除病弱株
玉米苗发生顶腐病时症状比较明显，可在进行田间作业时及时人工拔除病株，带出田外深埋或烧毁，以减少菌源，切忌不可随意丢到地里。
4、及时剪除病株
成株期发病的植株，如果心叶已扭曲腐烂，要及时剪去包裹雄穗以上的叶片，以利于雌穗的正常吐丝，并将剪下的病叶带出田外或烧毁。
5、化学防治
玉米顶腐病用药防治应掌握在发病初期，如果错过了这个时期，药剂防治的效果将大打折扣，甚至防治不住。可选的药剂有：58%甲霜灵猛锌300倍液、50%多菌灵500倍液、58%雷多米尔可湿性粉剂400倍液等杀菌剂，也可混配使用，连续喷施2次。