马铃薯块茎黑心主要在块茎中心部发生，中心部成黑色或褐色，变色部分轮廓清晰、形状不规则，有的变黑部分分散在薯肉中间，有的变黑部分中空，变黑部分失水变硬形呈革质化，放置在室温下还可变软。有时切开薯块无病症，但在空气中中心部很快变成褐色，进而变成黑色。
发生的原因主要是高温和通风不良，贮藏的块茎在缺氧的情况下，40~42℃时，1~2天；36℃时，3天；27~30℃时，6~12天即可发生黑心。即使在低温条件下，若长期通风不良，也能发病。黑心多发生在运输过程中，刚收获后和块茎堆积过厚等情况下，块茎内部本来就缺氧，在高温条件下，由于呼吸增强，耗氧多，进一步造成了缺氧状态。