玉米种子安全贮藏的关键是提高入口质量，降低种子水分。玉米种子入库前，必须使水分降至14%以下。玉米种子贮藏后，要经常检测种子的质量，准确掌握因库内温度变化而引起的种子变化，必要时采取防止种子发生霉变的措施。玉米种子贮藏一般有粒藏法和穗藏法。
1、粒藏法。即脱粒玉米入仓贮藏。此法仓容利用率高，要求严控种子入库水分，入库后严防种子吸温回潮，在一般仓库，种子含水量不能超过13%；低温密闭，含水降至安全标准以内的玉米种子，在冷天入仓或冷天通风降温后，堆面盖席或麻袋，再覆盖干净无虫的大豆(4773,27.00,0.57%)秆、麦糠、干沙、棉毯等密闭贮藏，可使种子长期地处低温状态，减少虫霉危害。
2、穗藏法。一般相对湿度低于80%的地区以穗藏为宜，新收获的玉米果穗，穗轴内的营养物质可继续运送到子粒内，使种子达到充分成熟，且可在穗上继续进行后熟；穗与穗间孔隙度大，便于空气流通，堆内湿气较易散发，高水分玉米有干燥不及，经冬季自然通气，可将水分降至安全水分内，至第2年春季即可脱粒，再进行密闭贮藏。
贮藏方法的选用可根据种子质量、当地的气候条件和仓房条件进行选择。一般相对湿度低于80%的地区以穗藏为宜，超过80%的地区，则以粒藏为宜。