科学施肥是提高水稻产量和效益的重要手段之一。但在生产实践上，由于对施用技术把握不好，常使水稻遭致肥害。为了充分发挥水稻的施肥效应，除了施足基肥外，在追肥上必须施好“三肥”，即分蘖肥、穗肥和粒肥。水稻施肥要根据品种特性、土壤肥力、气候因子和栽培条件等诸项因素来通盘考虑，灵活应用。
一、早施分蘖肥。从移栽至幼穗开始分化前的追肥叫分蘖肥。分蘖肥要求追施时间早、数量足，一般分蘖肥的用量占追肥总量的50%-60%。因为分蘖期是水稻一生中吸收氮素营养的第一高峰期，又由于水稻生育前期气温、水温、土温都较低，养分释放慢，追肥量太少难以满足水稻对养分的需要。只有早施才利于水稻早分蘖、多分蘖，降低分蘖节位，为争穗长、粒重创造条件。分蘖肥在水稻栽后7-10天施用，每亩施用尿素5-7千克。
二、巧施穗肥。从幼穗开始分化到抽穗以前的追肥叫穗肥。也是氮素吸收的第二个高峰期。施好穗肥能保花增粒，促进穗大粒多。并能防止贪青、倒伏。在技术上要做到以下几点：一是地力好，底肥足、分蘖多的田不施;二是早晨叶不挂露水，中午叶片挺直，叶色淡色的要施;三是阴雨天不施，晴天抢收施。施用时间为水稻圆杆期。亩施尿素3-4千克，并配施少量磷钾肥。
三、酌施粒肥。抽穗后的追肥叫粒肥或壮籽肥。粒肥能延长叶片功能期，防止早衰，增进粒重。但要注意的是，苗不黄的不施，阴雨天不施，有病害的田不施。要选择晴天下午喷施1%的尿素溶液，每亩50千克。缺磷地区还要喷施磷酸二氢钾，每亩50-100克，兑水50千克。对于已发纹枯病、稻瘟病的稻田，要选用菌核净、异稻瘟净、纹枯净、农抗120、消菌灵等农药防治。