番茄茎基腐病是近年来大棚番茄发生较严重的一种病害。主要危害大苗或定植后番茄的茎基部或地下主侧根，病部开始呈暗褐色，以后绕茎基部或根茎扩展一周，致皮层腐烂，地上部叶片变黄、萎蔫，后期整株枯死，病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。轻者减产，重者绝收，应及时进行防治。
1、定植前土壤没有消毒或消毒不彻底。大棚内土壤因连年种植茄果类和瓜类蔬菜，导致多种病菌在土壤中生存，一旦条件适宜便容易发病。
2、越冬大棚番茄定植期过早，苗期地温过高，大水漫灌以后，根系透气性降低，使得土壤内的病菌在适宜的温度、水分条件下大量滋生繁殖，并侵染茎基部维管束，使植株感病。
3、番茄植株生长势弱，也使得土传病害发生严重。
4、其他原因：番茄缓苗后遇一场大雨，雨水直接浸泡番茄幼苗，加上大雨过后未及时排水、施药而导致发病。