蔬菜冷库长期使用后，在四周库壁、地面，以及制冷设备、包装箱、塑料筐、货架等表面滋生病菌，对蔬菜进行侵染，因此冷库要进行定期消毒。常用的消毒剂主要有以下几种：
1、乳酸
80%～90%乳酸与水等量混合，用量1毫升/立方米，电炉加热蒸发，密闭6～24小时熏蒸。
2、过氧乙酸
20%溶液按5～10毫升/立方米，加热密闭熏蒸；或1%水溶液全面喷雾。
3、漂白粉
将含有效氯25%～30%的漂白粉配成10%溶液，取上清液全库喷雾。
4、福尔马林
15毫升/立方米，加入适量高锰酸钾或生石灰，稍加水，密闭熏蒸6～12小时。
5、硫磺
5～10克/立方米，加适量锯末，点燃密闭24～48小时。
此外，所有用具用0.5%漂白粉或2%～5%硫酸铜溶液浸泡、刷洗、晾干后备用。